Крстец се наоѓа на планината Бабуна, источно од градот Прилеп, од каде е оддалечено 15 километри. Селото се наоѓа на источниот обод на Пелагонија, најголемата висорамнина во Република Македонија. Селото е сместено високо, на западните висови од планината Бабуна. Надморската висина на селото е приближно 1.080 метри. Климата е планинска, заради нагласената надморска височина. Атарот зафаќа површина од 15,6 км2.
Селото со вода се снабдува од карпестите извори Горна и Долна чешма. Во подножјето на селото има уште три извори: Еленец, Ливадиште и Забел. Селото е поделено на три маала: Петревско, Здравевско и Колевско.
Крстец има простран атар. Поединечни делови од атарот се наречени: Белиште, Џупаница, Скрка, Забел, Честак, Борилски камен, Белото, Солиште, Валајца (тука „некогаш имало вода, па пропаднала“), Чашка, Зелена вода, Пржал, Кориски рид, Ножот, Кале, Козјак, Кичар, Дува вода, Плошна, Пет буки, Главје, Црнок, Голема присојница, Баба, Шопурки, Рамното, Лечишта, Мала леска, Копачиште, Рамниште, Ливадиште, Лесине, Дабра, Црквиште, Кутел, Голема нива, Конопишта (до 1912 година тука се одгледувал коноп), Бачилиште (тука се наоѓале зимските трла) и Меченица.
Југоисточно од селото, на еден гребен, се наоѓа возвишението Кале (на картата: Козјак). Ова возвишение е локалитет Маркова бразда. Селаните раскажувале дека тука „Крал Марко се тепал со Турците и тука направил еден ров“ (ископан во каменита подлога). Над Крстец, во близината на селото, селаните кажувале „дека некогаш имало манастир“. Тука селаните пронашле „крстови, икони, бакарни садови и стари гробови“. Тоа место се вика Странка. Сега таму има ниви и шуми. Местото е на околу 1 км оддалечено од селото, но остатоци од старини нема. На тоа место, кога оваа парохија била активна, се правела литија на празникот летен Свети Никола.
Во XIX век Крстец било село во Прилепската каза на Османлиската империја. Во „Етнографија на вилаетите Адрианопол, Монастир и Салоника“, издадена во Константинопол во 1878 година и во која е дадена статистиката на машкото население од 1873 година, Крстец (Krstetz) е посочено како село со 26 домаќинства и 100 жители христијани.
Според статистиката на Васил К’нчов („Македонија: Етнографија и статистика“) од 1900 година, Крстец имало 300 жители, сите христијани.
Во почетокот на ХХ век населението од селото било под управа на Бугарската егзархија. Според податоците на секретарот на Егзархијата Димитар Мишев („La Macédoine et sa Population Chrétienne“), во 1905 година во Крстец имало 176 егзархисти и работело бугарско училиште.
Според пописните листи, забележано е дека во 1921 година бројот на домаќинствата во селото изнесувал 25. Бројот на населението низ годините е следниов: 1948 = 192; 1954 = 187; 1961 = 93; 1971 = 21. Според пописот од 1981 година, во Крстец имало 9 жители, во 1991 = 6, во 1994 бројот изнесувал 8, а според пописот од 2002 година во селото има само еден жител.
Во селото се наоѓа црквата „Свети Никола“. Таа претставува еднокорабна градба, полукружно засведена, со полукружна апсида на источната страна, оживеана со пет слепи ниши. Подигната е во 1881 година, а обновена во 1904 година. На западната страна, во 1913 година, дограден е трем. Живописот во црквата датира од 1943 година, а негови автори се браќата Доневи од Гари. Околу црквата се наоѓаат селските гробишта. Селската слава и панаѓурот се одржувале на летен Свети Никола. На овој, ден, кога се правела литија околу селото, селаните влегувале со литија и во пештерата Дува вода, во длабочина и до 300 метри.
Крстец има стари фамилии. Најстари фамилии се Петревци и Кочовци. Овие две фамилии ја слават Пречиста за домашна слава. Останатите фамилии се доселени од некаде. Такви се фамилиите Зердевци, Валчевци, Колевци и Ристевци, кои за домашна слава ја имаат Свети Никола. Неколку фамилии од Крстец се преселиле во Кавадарци, додека сите други фамилии се преселени во Прилеп.
Во 1907 година, во Крстец е убиен македонскиот деец Димко Кочовски, родум од Плетвар.
Коментирај